Начало работы "Терры" не обошлось без сюрпризов. Сразу после запуска прекратила работу направленная антенна, которая должна передавать на Землю около 850 Гб научной информации в сутки. Пока инженеры искали способ починить антенну, она начала работать сама по себе. Спустя еще неделю на "Терре" вышел из строя бортовой компьютер. С этой проблемой разобрались в считанные дни — на борт было передано новое программное обеспечение, и работа возобновилась в полном объеме.
Наконец, в январе 2000 года при переводе спутника на рабочую орбиту он неожиданно начал вращаться, и автоматика прекратила маневр. Тем не менее, в начале марта специалистам NASA все же удалось вывести "Терру" на рабочую орбиту, и она уже передала первые фотографии земной поверхности.